事实上，当一个婴儿出生后吮吸妈妈的胸部时，它第一接触到的是妈妈乳头上的需氧菌，第二是奶管中的厌氧菌。生理母乳喂养是一个先喂细菌，后乳汁的过程。妈妈乳头及乳头周围皮肤上的需氧菌和乳管中的厌氧菌，再加上婴儿吸奶过程中吸入的空气，有益于在新生儿肠道内打造正常的肠道菌群，这对新生儿的身体发育有无限的益处。
为了保持生理母乳喂养过程中的细菌，妈妈可以在母乳喂养前用温水毛巾擦洗胸部或按期洗澡。吸吮胸部时，妈妈乳头和乳头周围皮肤上的正常需氧菌和乳管中的正常厌氧菌将与乳汁一块被吸进婴儿的口腔并进入消化道，成为人类消化道正常菌群的刚开始的基础，因此母亲们在哺乳前彻底清洗胸部或用消毒纸巾擦洗胸部并挤出几滴母乳是很错误的。
生理母乳喂养过程能促进婴儿肠道正常菌群的打造，不只帮助他们加速消化吸收母乳，还能促进免疫系统的健全，预防过敏。